由於餘震不斷，多數民眾無法返回家中。該縣透露，截至17日下午2點半現階段，約有11萬人正在中小學校等共計723處場所避難。避難者當中，人數最多的約5萬名熊本市(人口約為74萬人)居民，在縣內避難者人數中佔據近半數。
此外，因道路不通等致使物流運輸網陷入混亂，部分避難所不能及時收到充足的飲用水及食物。另外，大分縣內也有約1000人處於避難當中。
災區紛紛傳來物資短缺的呼聲。雖然國家及附近的自治體政府持續積攢救援物資，卻由於行政混亂等原因而未能順利遞交至災民手中。
“今晚的食物也很夠嗆”。——17日下午，熊本市的災害對策本部會議上，市負責人強調了窘迫的現狀。
16日凌晨的地震發生後，在熊本國府高中(該市中央區)校園內進行避難的約400位居民，利用折疊椅擺出了“SOS”的字樣。這裡雖然是市指定避難場所，但截至17日下午，幾乎沒有收到任何物資。
17日上午10點，位於熊本縣益城町的町綜合體育館內，約80人排隊等待著自衛隊提供的賑災伙食。來自熊本市東區的白川Mika(34歲)懷裡抱著4個月大的嬰兒，只見她接過飯糰後滿臉疲憊地表示“排了1小時的隊”。雖然已經去過2處分派賑災伙食的地點，但為了優先讓4名最大才13歲的孩子果腹，白川自己幾乎沒有進食。據悉，不知是否因此、導致母乳也無法正常分泌。即使是去到町政府的辦公處，也拿不到需要的尿布和奶粉。
而由於作為物資輸送路線的阿蘇大橋現已崩塌，截至16日、熊本縣南阿蘇村事先儲存的2500份應急食品及156瓶飲用水已全部消耗殆盡。在成為避難所的南阿蘇西小學，居民們只能撈接湧出的泉水、通過家用發電機和共享的電飯煲勉強度日。擔任當地區長一職的川崎哲志(67歲)感嘆道:“雖然目前我們姑且可以自給自足，但日子一久誰也吃不消啊。
